Структура Контрольно-счетной палаты утверждена решением Вологодской городской Думы от 29 сентября 2011 года № 759 «Об утверждении Положения о Контрольно-счетной палате города Вологды и структуры Контрольно-счетной палаты города Вологды» (с изменениями) и представлена следующим образом:
